Die Funktion des Darmes als Immunorgan spielt in der Vorstellung der Mediziner nach wie vor eine untergeordnete Rolle. Dabei gehen Experten davon aus, dass rund 70 % der erworbenen Immunität ihren Ursprung in einem Kontakt von Antigenen und Immunstrukturen im Darm haben. Ein gut funktionierendes Darm-Immunsystem ist damit eine wesentliche Voraussetzung für eine qualitativ hochwertige körpereigene Abwehr. Nachdem die Antigene über die M-Zellen im Darm aufgenommen und in Bruchstücke zerlegt worden sind, werden sie auf der Lumen-abgewandten Seite den B- und T-Zellen im Blut präsentiert. Die aktivierten B- und T-Zellen verbleiben meistens nicht in der Lamina propria, sondern wandern über das lymphatische System in den Blutstrom und verteilen sich im ganzen Körper. Während ihrer Reise durch den Körper machen die Zellen diverse Reifestadien durch und erwerben ein immunologisches Gedächtnis. Schließlich siedeln sie sich wieder in der Darmschleimhaut oder in anderen Schleimhautregionen an, genauer gesagt in den mit den Schleimhäuten assoziierten Geweben (MALT – Mucosa-Associated Lymphoid Tissue). Heute geht man davon aus, dass etwa 20 % der ursprünglich aus dem Darm stammenden Lymphozyten nicht in ihre Kinderstube zurückkehren und sich stattdessen in dem MALTs des Bronchialtraktes, des Urogenitaltraktes, der Speichel- und der Tränendrüsen, sowie in der laktierenden Brust stillender Frauen niederlassen. Dort können die mittlerweile zu Plasmazellen gereiften B-Lymphozyten mit der Produktion von Immunglobulinen, meist vom Typ IgA beginnen. Die meisten gebildeten IgA-Moleküle werden durch die Schleimhaut transportiert, mit einer sekretorischen Komponente versehen, die sie gegen enzymatischen Abbau schützt und auf der luminalen Seite wieder freigesetzt. Hier nehmen die IgA-Antikörper ihre Schutzfunktion wahr und greifen das Antigen, das ursprünglich ihre Bildung ausgelöst hat, an. Sie binden an das Antigen und maskieren es. Andere Komponenten des Immunsystems wie das Komplementsystem oder Makrophagen phagozytieren den entstandenen Komplex aus Antikörpern und Antigenen. Man bezeichnet die sIgA-Immunantwort auch als „first line of defence“. Die Bildung des sekretorischen IgAs erfolgt unabhängig von der Serum-IgA-Synthese. Somit bedeutet ein Mangel an Serum-IgA nicht zwangsläufig ein Fehlen von sekretorischem IgA. Neugeborene und Säuglinge werden über die Muttermilch mit sIgA versorgt und sind so gegenüber gastrointestinalen Infektionen passiv immunisiert (ca. drei Monate lang – Nestschutz). Ein Mangel an sIgA deutet auf eine verminderte Aktivität des Mukosaimmunsystems hin, während erhöhte sIgA-Werte auf eine erhöhte Aktivität des Immunsystems in der Darmschleimhaut hinweisen. Oft finden sich erhöhte sIgA-Werte bei allergischen Erkrankungen oder auch Entzündungen. Der komplexe Vorgang der Synthese und Sekretion von sekretorischem IgA kann an unterschiedlichen Stellen Störungen erfahren. Der Wert unterliegt also unterschiedlichen Störfaktoren, die z.B. erklären, dass ein Teil der Allergiker erniedrigte sIgA-Werte aufweisen, ein anderer Teil stark erhöhte Werte.